Desperaux is een kleine muis met veel te grote oren. Maar toch is hij een held. Het liefst leest hij spannende ridderverhalen. Hij vindt het dan ook heel gewoon dat hij verliefd wordt op de dochter van koning onder wiens paleisvloer hij leeft. Als een echte ridder probeert hij haar hart te veroveren. Een muis die om de hand van een prinses dingt, dat is muizenverraad! Zelfs zijn eigen vader en moeder keren zich bruut van hem af. Hij wordt verbannen naar de donkere kerkers van het paleis, waar hij is overgeleverd aan de wrede klauwen van Ciaroscuro, de rat die alles haat wat naar muis ruikt. Despereaux ontsnapt en wordt weer gevangen, hij bedenkt listen en voert gevechten... Zal de kleine dappere muis de gruwelijke kerker en de moordzucht van de ratten overleven? Zal hij ooit zijn geliefde prinses weerzien?