Waterwolven gaat over stormvloeden, dijkenbouwers en droogmakers, over mensen die al eeuwenlang proberen te voorkomen dat Nederland door het water wordt opgeslokt. Het gaat over de Friezen die terpen bouwden in de Waddenzee, over monnik Willem van Saeftinghe die op blote voeten de Zeeuwse slikken in trok om klei op hopen te scheppen, en als ridder meevocht tijdens de Guldensporenslag. Het gaat over Andries Vierlingh, Brabants dijkgraaf en vader van zes kinderen, over molenmaker Jan Adriaanszoon Leeghwater, die valse kerkklokken voor de Amsterdamse Zuiderkerk ontwierp, over baggeraar Adriaan Volker, die voortijdig een boottocht met prins Frederik verliet, zodat hij gewoon thuis kon eten. Het gaat over Nicolaas Cruquius, een hopeloze hypochonder en vrijgezel die de gevaarlijke Haarlemmermeer wilde temmen. Net als Jan Anne Beijerinck, die het water werkelijk zag zakken en overblijfselen van huizen en kerken tevoorschijn zag komen die het meer in de loop der jaren had opgeslokt, als braaksel uit een maag.